The End of Evangelion streaming disponibile da giugno 2019

L'adolescente Shinji Ikari è il pilota dell'Unità Evangelion 01, uno dei tanti cyborg giganti progettati per combattere entità soprannaturali ostili chiamate Angeli. Shinji è sconvolto dalla morte del suo amico Kaworu Nagisa, che si era rivelato un Angelo in forma umana, e visita la collega pilota Asuka Langley Soryu in un ospedale dove giace in coma. Cercando di scuoterla, scopre accidentalmente il suo petto e si masturba di fronte a lei, rimproverandosi in seguito.

Un comitato segreto chiamato Seele sta pianificando l'inizio di un evento chiamato Terzo Impatto, che spazzerà via la vita sulla Terra e realizzerà l'Instrumentalità Umana. Seele scopre che Gendo Ikari, il padre di Shinji, intende utilizzare la Nerv, un'organizzazione paramilitare che distribuisce le unità Evangelion, per creare la sua versione del Terzo Impatto e ricongiungersi con la moglie defunta Yui, la cui anima risiede nell'Unità 01. Seele invia la Forza di Autodifesa Strategica giapponese a prendere il controllo della Nerv, uccidendo la maggior parte del personale. Il maggiore della Nerv, Misato Katsuragi, ordina di trasferire Asuka nell'Unità Evangelion 02 e di metterla sul fondo di un lago, poi salva Shinji dalle truppe della Forza di Autodifesa. Misato, che vuole che Shinji difenda la Nerv, lo porta alle porte dell'Unità 01 ma viene colpita da un proiettile. Prima di morire, Misato implora Shinji di pilotare l'Unità 01, lo bacia e lo costringe a entrare in un ascensore. Shinji scopre che l'Unità 01 è immobilizzata nella bachelite.

Gendo recupera il pilota di Evangelion Rei Ayanami, che porta con sé l'anima dell'Angelo Lilith. Gendo si è fatto impiantare chirurgicamente l'Angelo Adam nella mano destra; se unirà Adam e Lilith, inizierà il Third Impact. Nel tentativo di fermarlo, la scienziata della Nerv Ritsuko Akagi invia un comando informatico per distruggere la Nerv. Casper, un nucleo di computer modellato sulla madre di Ritsuko, annulla il suo comando e Gendo la uccide. All'interno dell'Unità 02, Asuka supera il trauma e riattiva l'unità. Distrugge le forze della Forza di Autodifesa, ma arrivano le nuove unità Evangelion prodotte in serie da Seele. Asuka sconfigge le Unità Eva prima che l'Unità 02 esaurisca la sua energia, dopodiché le Unità Eva si rianimano e sventrano lei e l'Unità 02. L'Unità 01 si libera dalla bachelite e sale sopra la sede della Nerv. In superficie, Shinji vede le unità di Seele che trasportano i resti mutilati dell'Unità 02 e ha un crollo mentale, urlando inorridito.

Nel frattempo, il corpo di Rei sta perdendo l'integrità strutturale e Gendo può fondere Adam con Rei semplicemente mettendo la mano nel suo petto. Rei tradisce Gendo recidendo la sua mano, prendendo Adam per sé e fondendosi con Lilith, che si trasforma in una gigantesca versione bianca di Rei. Le unità prodotte in serie trascinano l'Unità 01 nel cielo e la crocifiggono, dando inizio al rituale che dà inizio al Third Impact.

Dopo diverse contemplazioni oniriche, tra cui il combattimento e lo strangolamento di Asuka, che rifiuta le sue richieste di aiuto e comprensione, Shinji conclude di essere solo e che tutti gli abitanti del mondo, compreso lui stesso, dovrebbero morire. Lilith risponde dissolvendo i corpi umani e riformando le loro anime in un'unica coscienza. Dopo un'ulteriore contemplazione, Shinji è disilluso dalla vacuità delle cose e rifiuta questo nuovo stato, rendendosi conto che la vita consiste nello sperimentare il dolore e la gioia. Il rifiuto di Shinji causa la distruzione di Lilith e l'umanità viene liberata. Yui dice a Shinji che chiunque può tornare se ha la volontà di farlo e si salutano. Shinji si rimaterializza in un paesaggio apocalittico mentre la testa di Lilith cade a pezzi.

Qualche tempo dopo, Shinji sta dormendo su una spiaggia e viene spaventato dal secondo umano che ritorna, Asuka. Shinji inizia a strangolarla, ma quando lei gli accarezza il viso si ferma e crolla. Mentre Shinji piange, Asuka esprime disgusto.