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Tredici anni dopo gli eventi del primo film, l'ex capitano del BOPE (ora colonnello) Nascimento subisce un'imboscata mentre esce da un ospedale. Mentre la sua auto viene crivellata di colpi, la sua voce fuori campo racconta gli eventi che hanno portato a quel momento.

Quattro anni prima, Nascimento arriva al complesso penitenziario di Bangu per sedare una rivolta iniziata dal gangleader Beirada, che chiede a Diogo Fraga, insegnante e attivista per i diritti umani, di negoziare le sue condizioni. Fraga viene scortato sul posto e convince Beirada a rilasciare gli ostaggi, ma il protetto di Nascimento, il capitano André Matias, spara a Beirada contro gli ordini di Nascimento, provocando la morte di diversi detenuti.

Nascimento viene a sapere che il comandante della PMERJ Formoso ha intenzione di licenziarlo a causa della cattiva pubblicità e lo affronta in un ristorante, per poi essere applaudito dagli altri commensali per la sua linea dura. Il Segretario di Stato per la Sicurezza Pubblica di Rio de Janeiro Guaracy coglie l'occasione e promuove Nascimento, ma trasferisce Matias alla polizia ordinaria come capro espiatorio. Nascimento promette a Matias il suo aiuto, ma Matias informa la giornalista Clara Vidal della corruzione del governo e della mancanza di sostegno al BOPE, causando una condanna al carcere. Fraga, ora sposato con l'ex moglie di Nascimento, Rosane, viene eletto all'Assemblea dello Stato di Rio.

Nascimento amplia l'arsenale, il personale, i veicoli blindati e gli elicotteri del BOPE, consentendogli di eliminare interi cartelli della droga dalle favelas, nella speranza di ridurre la corruzione della polizia. Tuttavia, i poliziotti corrotti guidati dal Maggiore Rocha formano una milizia che elimina il traffico di droga, estorcendo denaro alle imprese e costruendo una macchina politica.

Quattro anni dopo, dei miliziani mascherati rubano dei fucili da una stazione di polizia di Tanque, una delle ultime roccaforti della droga, dando ai loro alleati corrotti un pretesto per chiedere alle autorità di espellere gli spacciatori pesantemente armati, permettendo alla milizia di prendere il sopravvento. Nascimento ascolta le intercettazioni telefoniche degli spacciatori e assicura a Guaracy di non essere coinvolto; tuttavia, il corrotto tenente colonnello Fabio Barbosa sostiene che un informatore li ha coinvolti e che il raid è autorizzato. Matias, riportato al BOPE da Rocha, occupa la stazione e tende un'imboscata agli spacciatori in fuga, torturando il capo della droga Pepa per sapere dove si trovano le armi rubate. Quando Rocha arriva e inspiegabilmente spara a Pepa, Matias lo affronta, ma viene ucciso dagli uomini di Rocha.

Devastato dalla morte di Matias, Nascimento, sapendo che Fraga sta indagando sulla milizia, mette sotto controllo il suo telefono. Vidal, che sta indagando, entra in una delle favelas di Rocha e trova il materiale per la rielezione del governatore. Telefona a Fraga ma viene catturata dal gruppo di Rocha, che uccide lei e il suo fotografo. Nascimento ascolta la telefonata, capisce che Fraga è ormai un obiettivo, prende la registrazione e lo insegue; mentre aspetta fuori dall'edificio di Fraga, Fraga, Rafael e Rosane arrivano e vengono attaccati in una sparatoria. Nascimento spara all'aggressore, ma Rafael rimane ferito. I due lo portano in ospedale e Nascimento consegna la registrazione a Fraga, che a quel punto trattiene e aggredisce Guaracy, minacciando di uccidere tutte le persone coinvolte se suo figlio muore.

L'Assemblea apre un'indagine sulla scomparsa dei giornalisti sulla base della registrazione consegnata da Fraga. Tuttavia, Nascimento viene accusato di aver intercettato il telefono di Fraga per spiare Rosane, costringendolo alle dimissioni. Credendo che la sua milizia sarà un capro espiatorio, Rocha tenta di tendergli un'imboscata dopo una visita a Rafael; tuttavia, Nascimento, aspettandosi un attacco, viene aiutato dagli agenti del BOPE. Questi ultimi sparano ad alcuni degli assalitori, ma Rocha riesce a fuggire.

Nascimento viene chiamato a testimoniare e coinvolge il Governatore, Guaracy e molti altri individui come Gregorio Fortunato, un legislatore e conduttore televisivo che sosteneva la milizia, mentre molti funzionari e collaboratori corrotti vengono uccisi per impedire loro di testimoniare. Il Governatore, tuttavia, viene rieletto e Guaracy diventa rappresentante di Rio. La scena finale mostra Nascimento che riflette sullo scenario politico del Brasile e afferma che "finché ci saranno le condizioni per il sistema, esso rimarrà". Fa visita a Rafael mentre si sveglia lentamente dal coma.