Creati per il 50° anniversario del manga "Ashita No Joe", i lottatori dotati di telai meccanici conosciuti come Megalo Boxer combattono per il dominio nella disciplina.
La storia segue un uomo (conosciuto solo con il suo nome d'arte Junk Dog) che combatte incontri fissi in fight club situati nell'Area Riservata. Una sera, mentre è in sella alla sua moto nell'Area Amministrativa, per poco non si scontra con Yukiko Shirato, l'amministratore delegato della società Shirato Group. Junk Dog attacca briga con la sua guardia del corpo Yūri, che è anche il campione di Megaloboxing. Yukiko interrompe l'incontro, ma Yūri cerca Junk Dog e lo incontra in un fight club dove batte facilmente il lottatore meno esperto e gli dice di affrontarlo di nuovo nel torneo di Megalobox Megalonia, per il quale Junk Dog deve ottenere un posto in cima alle classifiche ufficiali di Megalobox per qualificarsi, oltre ad avere un documento di cittadinanza adeguato per entrare nelle classifiche. Dopo che l'allenatore di Junk Dog, Gansaku Nanbu, convince il boss mafioso Fujimaki a falsificare un documento d'identità a Junk Dog con il nome di Joe, i due hanno 3 mesi di tempo per raggiungere l'obiettivo di arrivare in cima alle classifiche di Megalobox per avere una possibilità di combattere a Megalonia.