La storia è quella di due truffatori che mettono le mani su una mappa della favolosa città dell'oro, El Dorado, mentre mettono in atto una sorta di truffa. Il loro piano va a monte e i furfanti finiscono per perdersi in mare dopo una serie di disgrazie. Stranamente, finiscono sulle coste di El Dorado e vengono venerati dagli indigeni per il loro aspetto straniero.
La colonna sonora è composta da Hans Zimmer e John Powell con canzoni scritte da Elton John e Tim Rice. John è anche accreditato come voce narrante periodica della storia nel corso del film. Il film segue due truffatori che, dopo aver vinto la mappa di El Dorado in Spagna, sbarcano nel Nuovo Mondo e usano la mappa per raggiungere la città di El Dorado, dove gli abitanti li scambiano per dei.
La strada per El Dorado uscì il 31 marzo 2000 con recensioni contrastanti da parte della critica e fu una delusione al botteghino, incassando 76 milioni di dollari in tutto il mondo a fronte di un budget di produzione di circa 95 milioni di dollari. Nonostante l'accoglienza iniziale, la rivalutazione negli anni successivi ha fatto sì che La strada per El Dorado ottenesse un seguito di culto.
Nella Spagna del 1519, i truffatori Miguel e Tulio vincono una mappa della leggendaria Città dell'Oro, El Dorado, in un gioco d'azzardo con i dadi truccati (anche se, ironicamente, vincono la mappa in modo equo dopo che Tulio ha ricevuto dei dadi normali da uno degli avversari). Dopo che la loro truffa viene smascherata, i due eludono le guardie e si imbarcano per sbaglio su una delle navi che il conquistador Hernán Cortés condurrà nel Nuovo Mondo. In mare, vengono catturati e imprigionati, ma riescono a liberarsi e a rubare una barca a remi con l'aiuto del cavallo maltrattato di Cortés, Altivo.
La loro barca raggiunge la terraferma, dove Miguel inizia a riconoscere i punti di riferimento dalla mappa, portandoli a un totem vicino a una cascata che Tulio crede sia un vicolo cieco. Mentre si preparano a partire, incontrano una donna nativa, Chel, inseguita dalle guardie. Quando le guardie vedono Tulio e Miguel in sella ad Altivo come raffigurato sul totem, scortano loro e Chel fino a un'entrata segreta dietro le cascate, a El Dorado. Vengono portati dagli anziani della città, il gentile capo Tannabok e il malvagio sommo sacerdote Tzekel-Kan. I due vengono scambiati per divinità quando un vulcano erutta per coincidenza, ma contemporaneamente si ferma durante una discussione tra i due e viene dato loro un alloggio lussuoso, insieme all'incarico di Chel. La donna scopre che i due stanno ingannando il suo popolo, ma promette di rimanere tranquilla se la porteranno con loro quando lasceranno la città. I due vengono sommersi di doni d'oro da Tannabok, ma disapprovano il tentativo di Tzekel-Kan di sacrificare un civile al rito degli dei. Nel frattempo, Cortés e i suoi uomini raggiungono la terraferma.
Tulio e Miguel incaricano Tannabok di costruire una barca per poter lasciare la città con tutti i doni ricevuti, con l'inganno che c'è bisogno di loro nell'"altro mondo". Chel si avvicina sentimentalmente a Tulio e Miguel esplora la città, apprezzando la vita pacifica abbracciata dai cittadini; quando Tzekel-Kan vede Miguel giocare una partita di pallone con i bambini, insiste che gli "dei" dimostrino i loro poteri contro i migliori giocatori della città. Tulio e Miguel sono in inferiorità numerica, ma Chel sostituisce la palla con un armadillo, permettendo loro di vincere. Miguel risparmia il rituale del sacrificio della squadra perdente e rimprovera Tzekel-Kan, ottenendo l'approvazione della folla e il rispetto di Tannabok. Tzekel-Kan si accorge che Miguel si è tagliato durante la partita e si rende conto che i due non sono dei, poiché gli dei non sanguinano, da qui il motivo dei sacrifici. In seguito, Miguel, che ormai ha riconsiderato l'idea di lasciare la città, sente Tulio dire a Chel che vorrebbe che lei venisse con loro in Spagna, prima di aggiungere che vorrebbe che lei venisse con lui e che dimenticasse Miguel, mettendo a dura prova il rapporto tra i due. A una festa organizzata per loro, Miguel e Tulio iniziano a discutere sulla conversazione tra Tulio e Chel e sul desiderio di Miguel di restare, quando Tzekel-Kan evoca un gigantesco giaguaro di pietra che li insegue per tutta la città. Tulio e Miguel riescono a superare il giaguaro, facendolo cadere insieme a Tzekel-Kan in un gigantesco vortice, ritenuto dagli indigeni l'ingresso di Xibalba, il mondo degli spiriti. Tzekel-Kan riemerge quindi nella giungla, dove incontra Cortés e i suoi uomini. Credendo che Cortés sia il vero dio, Tzekel-Kan si offre di condurlo a El Dorado.
Miguel decide di rimanere in città mentre Tulio e Chel salgono a bordo della barca completata, prima di vedere del fumo all'orizzonte e capire che Cortés si sta avvicinando. Sapendo cosa accadrà se Cortés scoprirà la città, Tulio suggerisce di usare la barca per abbattere i pilastri di roccia sotto la cascata e bloccare l'ingresso principale della città, pur sapendo che perderanno l'oro nel processo. Il piano riesce: i cittadini accostano una statua alla scia della barca per darle sufficiente velocità. Quando la statua inizia a cadere troppo velocemente, Tulio ha difficoltà a preparare la vela della barca. Rinunciando a rimanere in città, Miguel e Altivo salgono sulla barca per spiegare le vele e assicurarsi che la barca superi la statua in tempo. Il gruppo riesce a schiantarsi contro i pilastri, provocando un crollo e perdendo tutti i regali. Si nascondono vicino al totem proprio mentre arrivano gli uomini di Cortés e Tzekel-Kan. Quando scoprono che l'entrata è bloccata, Cortés definisce Tzekel-Kan un bugiardo e se ne va prendendolo come schiavo. Tulio e Miguel, sebbene delusi per aver perso l'oro (non sapendo che Altivo indossa ancora i ferri di cavallo d'oro con cui era stato equipaggiato a El Dorado), hanno apprezzato l'emozione della loro avventura e si dirigono in un'altra direzione per una nuova avventura con Chel.