Nell'UC 0093, Char Aznable è tornato a guidare Neo Zeon.
Debuttato nelle sale cinematografiche il 12 marzo 1988, Char's Counterattack è il culmine della saga originale iniziata in Mobile Suit Gundam e proseguita in Mobile Suit Zeta Gundam e Mobile Suit Gundam ZZ, segnando il conflitto finale dei quattordici anni di rivalità tra i personaggi Amuro Ray e Char Aznable.
Oltre a essere il primo Gundam originale uscito nelle sale cinematografiche, Char's Counterattack è stata anche la prima produzione di Gundam a fare uso della computer grafica durante un'inquadratura di cinque secondi della colonia Sweetwater che ruota nello spazio, realizzata da Toyo Links. Char's Counterattack è stato pubblicato in America su DVD il 20 agosto 2002 ed è stato trasmesso il 4 gennaio 2003 sul blocco di programmazione Adult Swim di Cartoon Network.
Nell'UC 0093, Char Aznable è tornato a guidare Neo Zeon. All'apertura del film, le forze di Char hanno organizzato il lancio dell'asteroide Quinta Luna sulla Terra. La task force speciale Londo Bell, i cui membri includono i soldati veterani Amuro Ray e Bright Noa, cerca di impedire la catastrofe. Char ha successo e l'asteroide si schianta su Lhasa, in Tibet.
Il Primo Ministro della Federazione Terrestre Adenaur Paraya e sua figlia adolescente Quess sfuggono per un pelo all'asteroide che si sta schiantando. La loro navetta spaziale incontra la nave di comando di Londo Bell, il Ra Cailum, che ha appena finito di raccogliere il nuovo mobile suit di Amuro, l'RX-93 Nu Gundam, e il caro amico di Amuro, Chan Agi. Il Nu Gundam è dotato della nuova tecnologia "psycho-frame", che amplifica le abilità dei Newtype. Bright si riunisce con il giovane figlio Hathaway, che si trovava anch'egli sulla navetta in fuga. Adenaur incarica Bright di consegnarlo alla colonia Londenion per alcuni importanti affari. A bordo, Quess si invaghisce di Amuro e Hathaway si prende una cotta per Quess.
Sulla colonia di Londenion, l'attività di Adenaur si rivela essere un incontro segreto con Char e altri leader Neo Zeon per organizzare un trattato; i Neo Zeon otterranno l'asteroide Axis in cambio del disarmo della loro flotta. Mentre si rilassa sulla colonia con Quess e Hathaway, Amuro riconosce Char e lo affronta. Sentendo i due uomini discutere, Quess si innamora delle filosofie di Char e lascia la colonia con lui, con grande dispiacere di Hathaway.
Quess si rivela essere un Newtype e un pilota di mobile suit dal talento naturale. Char approfitta della sua natura instabile e manipola i suoi sentimenti per usarla come arma contro Amuro. Char rivela che il trattato con la Federazione è uno stratagemma. Le forze di Neo Zeon tendono un'imboscata alla flotta della Federazione in occasione del presunto disarmo e la Axis viene mandata in rotta di collisione con la Terra. Londo Bell tenta di fermare l'asteroide utilizzando le scorte di armi nucleari di Axis, ma riesce solo a dividere l'asteroide in due parti.
Scoppia una furiosa battaglia tra Londo Bell, la Federazione e Neo Zeon. Quess cade nella follia e nella violenza mentre pilota l'armatura mobile Alpha Azieru, dotata di schemi psicologici. Hathaway ruba un'armatura mobile e cerca inutilmente di convincere Quess a smettere di combattere e a venire con lui. Chan uccide Quess per proteggere Hathaway dai folli attacchi della ragazza, ma viene a sua volta ucciso da Hathaway in preda alla rabbia per la morte di Quess. Amuro e Char duellano con i loro mobile suit psicotici, il Nu Gundam e l'MSN-04 Sazabi, e Amuro sconfigge il suo rivale di sempre. Con la capsula di salvataggio di Char al seguito, Amuro tenta disperatamente di respingere l'asteroide dell'Asse in discesa, con l'aiuto dei mobile suit della Federazione e di Zeon. La potenza dello psycho-frame del Nu Gundam amplifica le abilità Newtype di Amuro a un livello incredibile. Amuro, Char e il Nu Gundam scompaiono in un enorme bagliore di luce mentre entrambe le metà di Axis vengono allontanate dalla Terra.