Dio perde la fiducia nell'umanità e invia la sua legione di angeli per spazzare via la razza umana per la seconda volta. L'unica speranza per l'umanità è rappresentata da un gruppo di disadattati rintanati in una tavola calda nel deserto e aiutati dall'arcangelo Michele (Bettany). "Legion" segna il debutto alla regia dell'esperto di effetti speciali Scott Stewart.
Una serie televisiva intitolata Dominion, ambientata 25 anni dopo il film, ha debuttato sulla rete televisiva via cavo americana Syfy il 19 giugno 2014.
L'Arcangelo Michele cade sulla Terra a Los Angeles e si taglia le ali. Dopo aver saccheggiato un magazzino di armi e rubato un'auto della polizia, si dirige verso il Paradise Falls Diner, vicino ai confini del deserto del Mojave. Nel frattempo, Kyle, un padre single che sta guidando verso Los Angeles, si ferma alla tavola calda. Incontra il proprietario, Bob Hanson, Jeep, il figlio di Bob, Percy, il cuoco delle ordinazioni, Charlie, una cameriera incinta, Howard e Sandra Anderson, una coppia sposata, e Audrey, la loro figlia adolescente e ribelle. Mentre la televisione, la radio e il telefono del locale si guastano, l'anziana Gladys entra nel locale e diventa anormalmente ostile, prima di mordere un pezzo del collo di Howard, dopodiché Kyle le spara. Un gigantesco sciame di mosche circonda la tavola calda e isola gli avventori dal mondo esterno, vanificando il tentativo di trasportare Howard in ospedale.
Michael arriva e arma gli avventori mentre il cielo diventa nero. Centinaia di auto si avvicinano, piene di persone possedute che iniziano ad attaccare la tavola calda. Michael guida gli avventori nella lotta, ma Howard viene trascinato via. Più tardi, Michael spiega che Dio ha perso fiducia nell'umanità e ha inviato i suoi angeli per distruggere la razza umana. Rivela anche che il bambino di Charlie deve rimanere in vita, perché è destinato a essere il salvatore dell'umanità; Michael ha disobbedito all'ordine di Dio di uccidere il bambino di Charlie, perché ha ancora fiducia nell'umanità.
La mattina dopo, Sandra scopre Howard crocifisso su una croce rovesciata dietro il ristorante e ricoperto di enormi bolle. Cerca di salvarlo, ma lui esplode nell'acido. Percy muore per proteggere Sandra dall'esplosione. Sandra impazzisce e deve essere trattenuta. Nel frattempo, i sopravvissuti ascoltano una trasmissione radio che rivela altre sacche di resistenza. Uno di questi rifugi si trova nelle vicinanze, ma Michael consiglia loro di non andarci, perché sarebbero troppo vulnerabili durante gli spostamenti. Quella notte, una seconda ondata di posseduti attacca. Kyle viene attirato in una trappola e ucciso, mentre Charlie entra in travaglio. Audrey e Michael aiutano a far nascere il bambino mentre le trombe suonano, segnalando l'arrivo dell'Arcangelo Gabriele. In preda al panico, Sandra rompe le catene e cerca di dare il bambino alla posseduta, ma Michael la giustizia. Qualche istante dopo, Gabriel entra nella tavola calda e ferisce mortalmente Bob. Michael esorta il gruppo a fuggire e dice a Jeep di "trovare i profeti, imparare a leggere le istruzioni".
Le orde di umani posseduti non possono avvicinarsi al bambino di Charlie; Jeep, Audrey, Charlie e il bambino si recano all'incrociatore rubato di Michael. Gabriel e Michael combattono fino ad un punto morto prima che Gabriel trafigga Michael al petto con la sua stella del mattino. Michael muore e il suo corpo scompare. Morente, Bob usa il suo accendino per incendiare la conduttura del gas della tavola calda e farla esplodere, incenerendo se stesso e gli altri posseduti.
Jeep, il cui corpo è ricoperto dagli stessi misteriosi disegni visti sul corpo di Michael, conclude che i tatuaggi sono le sue istruzioni. Gabriel appare e ne segue una colluttazione in cui Audrey viene uccisa. Gabriele li mette alle strette sulle montagne vicine e sta per ucciderli quando Michele scende dal cielo, guarito e riportato al rango di Arcangelo. Michele dice a Gabriele che Gabriele ha dato a Dio ciò che gli ha chiesto, ma Michele gli ha dato ciò di cui aveva bisogno, dando all'umanità un'altra possibilità; Michele dice che questo era il piano di Dio per mettere alla prova i suoi angeli, ritenendo che fossero diventati ciechi nella loro lealtà e che, continuando a obbedire ciecamente a Dio, Gabriele lo ha deluso. Vergognandosi, Gabriele se ne va. Michele spiega a Jeep che è lui il vero protettore del bambino e che lo rivedranno. Michele vola via. Charlie e Jeep raggiungono la cima della montagna e vedono una piccola città nella valle sottostante.
In seguito, Charlie, Jeep e il bambino si allontanano: l'inquadratura si allarga per mostrare che il retro del veicolo è pieno di armi.