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Umi Matsuzaki è una studentessa liceale di 16 anni che vive a Coquelicot Manor, una pensione che si affaccia sul porto di Yokohama in Giappone. Sua madre, Ryoko, è una professoressa di medicina che studia negli Stati Uniti. Umi gestisce la casa e si occupa dei suoi fratelli minori e della nonna. Ogni mattina, Umi alza una serie di bandiere di segnalazione con il messaggio "Prego per un viaggio sicuro".

Un giorno, una poesia sull'alzabandiera viene pubblicata sul giornale della scuola superiore Isogo. Shun Kazama, l'autore della poesia, assiste all'alzabandiera dal mare mentre si reca a scuola con il rimorchiatore del padre. All'inizio, Umi ha un'impressione sbagliata di Shun, che fa un'acrobazia spericolata per conto del "Quartiere Latino", un vecchio edificio che ospita i club del liceo e che rischia di essere demolito. Su richiesta della sorella, Umi la accompagna a ottenere l'autografo di Shun al Quartiere Latino. Viene a sapere che Shun e il presidente del governo studentesco Shirō Mizunuma pubblicano il giornale della scuola. Umi convince Shirō e Shun a rinnovare il Quartiere Latino e tutti gli studenti contribuiscono, sia ragazzi che ragazze. Umi e Shun iniziano a provare dei sentimenti l'uno per l'altra.

A Coquelicot Manor, Umi mostra a Shun una fotografia di tre giovani uomini della marina. Uno di loro è suo padre defunto, Yūichirō Sawamura, ucciso mentre prestava servizio su una nave da rifornimento durante la guerra di Corea. Shun è stupito nel vedere che ha un duplicato della fotografia. Suo padre ammette che poco dopo la fine della Seconda Guerra Mondiale, Yūichirō arrivò a casa loro una sera con un neonato, Shun. I Kazama avevano da poco perso il loro neonato, così adottarono Shun. All'inizio Shun cerca di evitare Umi, poi finalmente le dice che sono fratelli. Umi e Shun reprimono i loro sentimenti romantici e continuano a vedersi come amici.

La ristrutturazione del Quartiere Latino è stata completata, ma il Consiglio scolastico della Prefettura di Kanagawa decide di procedere comunque alla demolizione dell'edificio. Shirō, Shun e Umi prendono il treno per Tokyo, che si sta preparando per le Olimpiadi estive del 1964, e incontrano Tokumaru, il presidente del consiglio scolastico. Riescono a convincerlo a visitare il Quartiere Latino. In seguito, Umi dichiara il suo amore a Shun, che la ricambia nonostante la loro situazione.

Appena tornata dagli Stati Uniti, Ryoko racconta a Umi che il padre di Shun era in realtà Hiroshi Tachibana, il secondo uomo nella foto. Nel 1945, Tachibana rimase ucciso in un incidente su una nave di rimpatrio. La madre di Shun morì durante il parto e gli altri parenti furono uccisi nel bombardamento di Nagasaki. Ryoko non poté crescere Shun perché all'epoca era già incinta di Umi. Yūichirō registrò il bambino come suo per evitare di lasciare Shun orfano negli anni confusi del dopoguerra, ma alla fine Shun fu affidato ai Kazama.

Tokumaru visita il Quartiere Latino e, impressionato dagli sforzi degli studenti, annulla la demolizione. Umi e Shun vengono convocati al porto. Incontrano Yoshio Onodera, ora capitano di una nave e terzo uomo nella fotografia, nonché unico sopravvissuto dei tre. Confermando che Umi e Shun non sono legati da vincoli di sangue, racconta tutta la storia dei tre uomini. Una volta risolto tutto, Umi riprende la sua routine quotidiana di alzare le bandiere, ma ora non è solo per suo padre.