Kenshin Himura era un assassino della parte imperiale durante la guerra che pose fine allo shogunato e installò il governo Meiji. Dopo aver ucciso innumerevoli persone, fece voto di non uccidere mai più. Dieci anni dopo, trova una casa in un dojo in crisi, ma viene coinvolto in una serie di omicidi legati a un giro di oppio. Il suo impegno a non togliere mai la vita viene messo alla prova quando le persone a cui ha imparato a tenere sono minacciate da figure del suo passato.
Prima che venisse annunciato, circolavano voci su un adattamento live-action del manga. Il quotidiano Sankei Sports ha riferito che lo staff intendeva distribuire il film a livello internazionale ed eventualmente farne una serie. Questo è stato il primo adattamento live-action del manga. Durante la produzione, Watsuki ha proposto le sue idee per il film, che sono state utilizzate nel film. Il film è stato distribuito a livello internazionale da Warner Bros.
Rurouni Kenshin è uscito nelle sale cinematografiche giapponesi il 25 agosto 2012 e ha incassato oltre 36 milioni di dollari in patria e oltre 60 milioni di dollari in tutto il mondo a novembre 2012. Il film è stato distribuito in licenza in oltre 60 paesi in Europa, America Latina e Asia. Il film è stato presentato in anteprima in Nord America come apertura del LA EigaFest 2012 il 14 dicembre 2012.
Il 14 giugno 2016, Funimation Films ha annunciato di aver acquisito i diritti del film e dei suoi sequel Kyoto Inferno e The Legend Ends. Il film è arrivato nelle sale nordamericane nell'agosto 2016 con un doppiaggio in inglese.
Mentre le forze imperialiste celebrano la loro vittoria nella battaglia di Toba-Fushimi, un partecipante noto come l'Hitokiri Battōsai si allontana dal campo di battaglia, abbandonando la sua spada. Ma la vecchia katana di Battōsai non viene lasciata sola. Viene reclamata da uno dei caduti, Udō Jin-e.
Un decennio dopo, Saitō Hajime e i suoi colleghi poliziotti indagano sull'omicidio di un poliziotto sotto copertura, presumibilmente per mano del Battōsai. Ma Saitō non è convinto e sospetta di Takeda Kanryū, un ricco ma crudele uomo d'affari. Nel frattempo, l'ex Battōsai (che ora si fa chiamare Himura Kenshin) arriva a Tokyo. Mentre si aggira per le sue strade, incontra Kamiya Kaoru, la proprietaria della scuola di Kendo del suo defunto padre. Con il nome del suo dojo infangato da uno che porta il nome di Battōsai, lo attacca credendo che sia il famoso assassino, ma viene smentita quando Kenshin rivela di portare solo una "spada a lama rovesciata" (逆刃刀, sakabatō).
Altrove, Takani Megumi, una donna costretta a produrre oppio per Takeda Kanryū, fugge e si rivolge alla polizia per trovare un rifugio sicuro dopo aver assistito alla morte degli altri produttori di oppio. Tuttavia, Udō Jin-e, al servizio di Kanryū, le dà la caccia uccidendo tutti i presenti nella stazione di polizia. Fortunatamente, la ragazza riesce a fuggire nel caos che ne consegue.
Kaoru si imbatte in Jin-e, il vero autore dell'omicidio secondo lo stile di spada del suo dojo. Non potendo competere con lui, viene ferita durante il combattimento, ma Kenshin appare dal nulla e la salva. Jin-e capisce subito l'identità nascosta di Kenshin come vero Battōsai, prima che uno sciame di poliziotti si precipiti sulla scena, dando a Kenshin e Kaoru la possibilità di fuggire. Kaoru conduce Kenshin al suo dojo dove saranno al sicuro. Più tardi, un gruppo di teppisti guidati da Takeda Kanryū tenta di impossessarsi del dojo. Kenshin sconfigge l'intera banda senza ucciderne nessuno prima dell'arrivo della polizia. Kenshin si prende la colpa dell'incidente e si fa arrestare per evitare che il dojo di Kaoru venga incolpato della violenza. Ben presto, Saitō lo riconosce, lo combatte brevemente quando si rifiuta di aiutare la polizia perché ha giurato di non uccidere più e poi lo rilascia. Dopo il suo rilascio, viene accolto da Kaoru che sa che Kenshin non è il Battōsai che aveva diffamato il suo dojo e lo riporta al dojo. Kenshin si trasferisce quindi da Kaoru e dal suo unico studente, il ragazzo Myōjin Yahiko.
Ancora in pericolo di vita, Megumi si imbatte in Yahiko che la aiuta a nascondersi e la porta al dojo dove viene presentata a tutti. Kaoru offre a tutti una cena a base di sukiyaki al ristorante Akabeko, ma l'occasione viene rovinata dall'arrivo di Kanryū che si offre di assumere Kenshin, il quale rifiuta umilmente. Qui viene sfidato da Sagara Sanosuke per il lavoro e i due lasciano il locale per combattere.
Più tardi, quella sera, Jin-e compie una serie di omicidi, lasciando molti cadaveri che la polizia troverà il giorno seguente. Kenshin assiste all'orrore e a una donna che piange la morte del suo amante. Questo rievoca in Kenshin un ricordo dei suoi anni da assassino, quando fu testimone di una donna che piangeva un uomo che lui aveva ucciso, in un combattimento con la spada che gli lasciò una cicatrice sul volto. Più tardi, quella notte, un uomo mascherato che lavora per Kanryū avverte Megumi dei pericoli in arrivo.
Il giorno dopo, gli abitanti del dojo si ammalano a causa del veleno per topi che ha contaminato i pozzi della comunità. Megumi sospetta che sia opera di Kanryū e aiuta fornendo le medicine alle vittime. Arrabbiata con Kanryū, Megumi tenta di ucciderlo, ma fallisce e viene tenuta in ostaggio dal ricco spacciatore. Vincendo tutti i suoi uomini, Kenshin e Sanosuke attaccano la villa di Kanryū nella speranza di salvare Megumi. Saitō li assiste per sottomettere Kanryū, che è armato di una pistola Gatling. Salvano Megumi, ma scoprono che Jin-e, il falso Battōsai e uomo di Kanryū, ha rapito Kaoru.
Kenshin insegue Jin-e. Per provocare ulteriormente Kenshin, Jin-e utilizza una tecnica speciale che paralizza i polmoni di Kaoru e può essere annullata solo con la sua morte. Dopo un'intensa battaglia, Kenshin ferisce gravemente Jin-e frantumandogli il gomito con il fodero. Prima che Kenshin possa sferrare il colpo di grazia, Kaoru supera la paralisi e impedisce a Kenshin di uccidere Jin-e. Jin-e si suicida, dicendo a Kenshin, prima del suo ultimo respiro, che chi vive di spada deve morire di spada, un tema ricorrente che si contrappone al voto di Kenshin di non uccidere mai più.
Kenshin, stanco e ferito, riporta Kaoru svenuta al dojo. I due si riposano, affidati alle cure di Megumi e Yahiko. Al risveglio, Kaoru non vede Kenshin e va a cercarlo. Lo trova mentre trasporta delle verdure e si sente sollevata dal timore che possa essersene andato definitivamente.