Rurouni Kenshin: The Legend Ends streaming disponibile da giugno 2021

In un flashback, Hiko Seijūrō trova il giovane Shinta che scava le tombe dei banditi e degli schiavisti uccisi in battaglia. Shinta spiega che tutte le persone sono solo corpi dopo la morte. Hiko decide di prendere Shinta come suo studente e lo chiama "Kenshin". Himura Kenshin si risveglia a casa del maestro Hiko e chiede se anche il suo amico (Kaoru) è stato lavato. Il maestro Hiko gli dice che molto probabilmente il suo amico è morto. Kenshin chiede di imparare l'ultima tecnica dell'Hiten Mitsurugi, "Amakakeru Ryu no Hirameki", per sconfiggere Shishio Makoto e prevenire il suo assalto. Hiko accetta e i due ingaggiano un duello per iniziare l'addestramento.

Shishio appare al largo della costa di Tokyo a bordo di una grande nave da guerra nera rivestita di ferro e chiede al ministro dell'Interno, Ito Hirobumi, di fargli visita per discutere della situazione. Dopo aver invitato i ministri ad unirsi a lui per mangiare, uno di loro perde le staffe e viene ucciso da uno degli uomini di Shishio. Il primo ministro cerca di ristabilire l'ordine e il decoro, ma Shishio li fa prigionieri quando cercano di andarsene, uccidendo tutti gli uomini del governo tranne il primo ministro. Shishio chiede che Battousai venga portato da lui, altrimenti farà cadere il governo rendendo pubbliche tutte le uccisioni e gli omicidi compiuti dall'attuale governo. Saito Hajime, noto anche come Fujita, è ancora alla ricerca di Battousai ed è disgustato dal modo in cui il governo sta gestendo la questione, cedendo al ricatto di Shishio.

Yahiko Myojin trova un manifesto che chiede l'arresto di "Battousai" Kenshin, il che, insieme a Sagara, fa pensare che Kenshin sia ancora vivo e partono per Tokyo e il Dojo Kamiya con Misao per trovarlo e cercare Kaoru Kamiya. Mentre si allontanano, una giovane donna si avvicina con una sciarpa, che Misao riconosce come quella con cui aveva fasciato Kaoru, e si precipitano via. All'uscita di un ospedale, entrano e trovano Kaoru svenuta e viva.

Grazie all'addestramento di Hiko, Kenshin scopre di aver gettato via la sua voglia di vivere durante il periodo in cui era l'assassino Battōsai e, non avendo intenzione di uscirne vivo, non sarà in grado di sconfiggere Shishio. Hiko sottolinea anche che Kenshin ha perso il suo istinto omicida con il suo giuramento di non uccidere e la sua ridicola spada, dopo tutto sono i forti a sopravvivere e i deboli a morire. Quella sera, Hiko dice che a Kenshin manca qualcosa e che gli sarà concessa una notte per pensarci. Se non riuscirà a capire di cosa si tratta, morirà il giorno dopo. Il mattino seguente, Kenshin non è ancora in grado di capire cosa gli manca. Hiko rivela a Kenshin il suo ultimo compito come Maestro: senza capire cosa manca, Kenshin tornerà alle sue vecchie abitudini e quindi Hiko dovrà uccidere Battōsai. Quando Hiko lo attacca, Kenshin si accorge di tremare. Non è per la paura del suo maestro, ma per la paura della morte stessa e istintivamente usa la spada per proteggersi perché non vuole morire. Kenshin ascolta mentre gli viene detto dal suo maestro che non potrà imparare il segreto finché non capirà che la volontà di vivere è fondamentale, che la sua vita è degna di essere vissuta come quella degli altri e che quindi ha imparato il segreto di Amakakeru.

Kaoru si risveglia dal coma e, riunita a Yahiko e Sanosuke, torna a Tokyo. Mentre Kenshin conclude il suo addestramento e sta per partire, Makimachi Misao arriva con la notizia che Kaoru è viva. La donna dice anche a Kenshin che è stato marchiato come criminale ricercato in tutto il Giappone per il suo lavoro come Battōsai durante l'era Bakumatsu. Sapendo che Shishio intende conquistare Tokyo, Kenshin intende tornare a casa seguendo un percorso segreto che gli è stato dato dall'Oniwabanshu alla locanda Aoiya. Scoprono che Kashiwazaki Nenji (noto anche come Okina) è andato avanti e ha incontrato Shinomori Aoshi, che era in agguato per Kenshin su quel percorso. Kenshin e Misao arrivano e Kenshin duella con Aoshi, durante il quale Okina muore per le ferite riportate. Tornato all'Aoiya, Misao si prende cura di Aoshi e lo convince a tornare all'Oniwabanshu. Sulla nave da guerra di Shishio, Shishio, la sua compagna Yumi e uno dei suoi uomini, Hori, scoprono che a causa dell'incapacità di Shishio di sudare, può combattere solo per quindici minuti senza mettere a rischio la sua salute.

Kenshin torna al dojo Kamiya Kashin. Takani Megumi, che si è occupata del dojo in assenza di Kaoru, gli dà il benvenuto, ma poco dopo il suo arrivo arriva la polizia per arrestarlo. Desideroso di evitare ulteriori violenze, si arrende e viene portato dal capo del Ministero degli Interni, Ito Hirobumi. Ito spiega che aveva cercato di convincere Shishio ad abbandonare il suo piano di rovesciare il governo Meiji, ma le trattative si erano concluse con un disastro e Shishio, ancora amareggiato per il trattamento crudele ricevuto dal nuovo governo (era stato bruciato vivo), avrebbe lasciato il governo per il momento solo se Kenshin fosse stato arrestato e giustiziato. In caso contrario, intende attaccare Tokyo. Kenshin convince Ito che può sconfiggere Shishio se Ito lo aiuta. A quanto pare, Ito decide di procedere comunque con l'esecuzione. Kaoru, Sano e Yahiko tornano a Tokyo poco dopo e, con orrore, scoprono che Kenshin sarà giustiziato lo stesso giorno. Gli uomini di Shishio assistono all'esecuzione per assicurarsi che Ito porti a termine le trattative.

L'esecuzione, tuttavia, è solo una messa in scena e Kenshin viene liberato e aiutato a sconfiggere gli uomini da Hajime Saito. Sano si unisce a loro e i tre vengono condotti alla nave da guerra di Shishio. Durante la ricerca di Shishio, Kenshin incontra nuovamente Seta Soujiro e i due si sfidano. Kenshin ne esce vittorioso e Soujiro, che all'inizio credeva che Kenshin fosse debole, è distrutto e confuso. Kenshin trova finalmente Shishio, Yumi e Hori che lo aspettano nella stiva della nave. Segue un duello tra Kenshin e Shishio, che supera facilmente Kenshin. Subito dopo arriva Saito, seguito da Sano e Aoshi, che li hanno seguiti da Kyoto, ma anche i quattro insieme non sono all'altezza di Shishio. Shishio raggiunge il suo limite di 15 minuti e Yumi tenta di fare da scudo a Kenshin mentre Shishio li pugnala entrambi, uccidendola. Nel frattempo, gli uomini di Ito iniziano a sparare contro la nave, con l'intenzione di affondarla e annegare sia Shishio che Kenshin. Shishio condanna Kenshin per aver aiutato un simile governo. Kenshin concorda sul fatto che il nuovo governo Meiji sia difettoso, ma sostiene che l'era degli assassini come lui e Shishio sia finita e che non ci debba essere più violenza. Riesce a sconfiggere Shishio usando l'Amakakeru, senza però ferirlo fisicamente. Shishio, che ha raggiunto da tempo il suo limite e il cui corpo si è surriscaldato, prende fuoco e muore bruciato sotto gli occhi del gruppo.

Saito, Aoshi, Sano e Kenshin scappano dalla nave prima che affondi e vengono riportati a riva, dove Kaoru, Yahiko, Misao e il Ministero degli Interni li stanno aspettando. Ito riconosce per la prima volta Kenshin come Himura Kenshin mentre dichiara Battōsai morto e i suoi uomini salutano il gruppo come eroi. Aoshi e Misao tornano a Kyoto e Kaoru, Kenshin, Yahiko e Sano tornano al dojo. Kaoru nota il cambio di stagione e la fine della vita di Kenshin come Battōsai. Kenshin esprime il suo desiderio di continuare a vivere nel dojo e di andare avanti nella nuova era e invita Kaoru ad andare avanti con lui.