La storia si svolge nel XXI secolo, 20 anni dopo la Terza Guerra Mondiale. Il mondo come lo conosciamo è stato distrutto e il dodicenne Conan vive su un'isola con suo nonno, credendo di essere gli unici due sopravvissuti alla guerra. Ma un giorno Conan scopre una ragazza svenuta sulla spiaggia. Si tratta dell'undicenne Lana, in fuga dai malvagi governanti di Industria, che vogliono rapirla e usarla come esca per convincere suo nonno (fuggito a sua volta da Industria) a consegnare il segreto perduto dell'energia solare, che permetterebbe a Industria di dominare il mondo. Dopo che Lana viene rapita dall'isola, Conan decide di salvarla e salpa verso Industria.
Una serie spin-off, Future Boy Conan II: Taiga Adventure è andata in onda per ventiquattro episodi sulla TBS dall'ottobre 1999 all'aprile 2000.