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I bambini iniziano a scomparire dalla cittadina tedesca di Winden, portando alla luce le relazioni incrinate, le doppie vite e il passato oscuro di quattro famiglie che vivono lì e svelando un mistero che attraversa quattro generazioni.

La prima stagione inizia nel 2019, ma in seguito si estende al 1986 e al 1953 attraverso i viaggi nel tempo, quando i membri delle famiglie principali dello show vengono a conoscenza di un wormhole nel sistema di grotte sotto la centrale nucleare locale. Nel corso della prima stagione, vengono rivelati dei segreti riguardanti le famiglie Kahnwald, Nielsen, Doppler e Tiedemann e le loro vite iniziano a sgretolarsi man mano che i loro legami vengono svelati. La cospirazione coinvolge i bambini scomparsi e la storia della città e dei suoi cittadini.

La seconda stagione prosegue i tentativi delle famiglie intrecciate di riunirsi ai loro cari scomparsi, diversi mesi dopo il finale della prima stagione, rispettivamente nel 2020, nel 1987 e nel 1954. Altre storie sono ambientate nel 2053 e nel 1921. La seconda stagione introduce Sic Mundus Creatus Est, una fazione importante nella battaglia in corso per il destino finale degli abitanti di Winden e del mondo. La stagione si avvicina all'apocalisse.

La terza stagione segue le quattro famiglie attraverso il tempo, dopo l'apocalisse del 2020. Introduce un mondo parallelo legato al primo. La terza stagione continua le trame del 1954, 1987, 2020 e 2053 nel primo mondo, aggiungendo anche una nuova trama del 1888 e del 2019 e 2052 nel secondo mondo, mentre le fazioni portano avanti i loro desideri per ogni mondo. La stagione mostra anche gli eventi principali tra tutti questi anni, continuando gli eventi della stagione e servendo anche come retroscena per gli eventi delle prime due stagioni.

Nel giugno 2019, il 43enne Michael Kahnwald si suicida, ma sua madre Ines nasconde la sua lettera d'addio prima che qualcun altro se ne accorga. Il 4 novembre, dopo quasi due mesi di trattamento in una struttura psichiatrica, il figlio adolescente di Michael, Jonas, torna a scuola e si riunisce con il suo migliore amico Bartosz Tiedemann, che ora esce con l'interesse amoroso di Jonas, Martha. Erik Obendorf, il principale fornitore di marijuana del liceo, è scomparso da due settimane e l'agente di polizia Ulrich Nielsen - il padre di Martha e dei suoi fratelli, l'adolescente Magnus e il preadolescente Mikkel - è stato incaricato delle indagini, che faticano a trovare qualche indizio. Nel frattempo, Ulrich tradisce sua moglie, la preside del liceo Katharina, con Hannah, la madre di Jonas. Mentre cercano la scorta di droga di Erik in una grotta non lontana dalla centrale nucleare della città che sta per essere chiusa, Jonas, Bartosz, i tre bambini Nielsen e Franziska Doppler sono spaventati da strani suoni e dalle loro torce tremolanti e Mikkel scompare mentre fuggono dalla grotta. Il giorno dopo viene ritrovato il corpo di un ragazzo, ma non si tratta di Mikkel. In un luogo sconosciuto, una figura incappucciata lega Erik a una sedia e gli stringe un meccanismo intorno alla testa.