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In un lontano futuro tecnologico, la civiltà ha raggiunto la sua forma definitiva basata sulla Rete. In passato, un'"infezione" ha fatto sì che i sistemi automatizzati andassero fuori controllo, dando vita a una struttura cittadina multilivello che si replica all'infinito in tutte le direzioni. Ora l'umanità ha perso l'accesso ai controlli della città e viene cacciata per essere eliminata come "illegale" dal sistema di difesa noto come Safeguard. In un villaggio, un gruppo noto come Electro-Fishers sta rischiando l'estinzione, intrappolato tra la minaccia del Safeguard e la diminuzione delle scorte di cibo. Una ragazza di nome Zuru parte per un viaggio alla ricerca di cibo per il suo villaggio insieme a un gruppo di amici, solo per causare inavvertitamente la rovina quando una Torre di Guardia la percepisce e genera un branco di Salvaguardia per eliminarli. Con i suoi compagni morti e tutte le vie di fuga bloccate, l'arrivo improvviso di Killy il Vagabondo, alla ricerca di un umano che possiede il Gene Terminale della Rete, la salva insieme a Tae, un suo caro amico.

Killy viene riportato al villaggio, dove incontra Pop, il capo del villaggio, che esprime interesse nei suoi confronti dopo aver saputo che è arrivato da "6000 livelli inferiori". Killy aiuta persino a risolvere il problema alimentare del villaggio passando loro una grande quantità di razioni. All'improvviso, parte per un'area sotto il villaggio chiamata Santuario della Putrefazione e, seguito da Zuru e Tae, trova la macchina-corpo danneggiata di Cibo, un ex scienziato di prima del disastro. Cibo rivela di aver costruito un generatore di scudi che protegge il villaggio dalla Salvaguardia e dice agli abitanti del villaggio che è possibile produrre più razioni recandosi in una vicina "fabbrica automatizzata".

Seguendo le sue parole, un gruppo di Elettro-Pescatori, tra cui Tae e Zuru, si reca alla fabbrica automatizzata in cerca di altre razioni. Arrivata sul posto, Cibo aiuta ad accedere al sistema e produce una grande quantità di razioni, per la gioia degli elettro-pescatori. Tuttavia, subito dopo aver prodotto una macchina per Killy, il sistema rifiuta il suo accesso e inizia a produrre in massa gli Sterminatori per eliminare gli Elettro-Pescatori. Cibo, che si rifà il sistema in forma di cyborg, conduce gli abitanti del villaggio, con Tae che si è rotta un braccio, su un vagone ferroviario e scappa verso il villaggio. Durante il viaggio, Killy perde i sensi mentre cerca di salvare gli Electro-Fishers.

Arrivati al villaggio, gli abitanti festeggiano l'improvvisa quantità di cibo e allo stesso tempo piangono la loro perdita. Durante i festeggiamenti, Cibo sveglia segretamente Killy con solo Zuru come testimone e lo conduce verso il generatore di scudi con la macchina. Mentre scende, Tae porta la sua pistola sulla piattaforma dell'osservatorio e spara al generatore di scudi; a quel punto si scopre che la vera Tae è stata uccisa e sostituita da un cyborg rappresentante della Safeguard nella fabbrica. Sanakan, come si fa chiamare ora, procede a uccidere la maggior parte degli abitanti del villaggio, considerandoli residenti illegali e distruggendo il villaggio nel frattempo.

Killy, resosi conto di ciò che è successo, torna al villaggio da solo. Cibo scende più velocemente, dove posiziona la macchina accanto al generatore di scudi distrutto e si collega ad essa. Tornata in cima, Sanakan sta uccidendo gli abitanti del villaggio, ma gli anziani del villaggio guidano freneticamente il resto degli abitanti verso la cima del villaggio dove si oppongono a lei usando le armi rimaste. Lo stesso Killy entra in combattimento con Sanakan che, dopo averlo steso, gli fa notare che si tratta di un corpo "rubato dal Guardiano". Killy viene salvato all'ultimo momento da Zuru, che gli lancia la sua pistola; egli spara e distrugge Sanakan, ma non prima che Sanakan distrugga Cibo.

Cibo, in una dimensione alternativa, supplica l'Autorità, che controlla il Salvaguardia, di lasciare andare gli abitanti del villaggio. Non potendolo fare, le permettono di accedere alla mappa della città, rivelando un livello abbandonato e al riparo dal controllo della Salvaguardia dove gli abitanti possono evacuare.

Cibo, ora funzionante grazie all'unico braccio che le è rimasto, conduce gli abitanti del villaggio a un vagone ferroviario transnazionale, ma subito dopo che gli abitanti sono saliti, una Torre di Guardia li individua e genera un gigantesco Sterminatore. Killy lancia a Zuru il dispositivo che lo tiene al sicuro dalla Salvaguardia, ma questi gli dice che vuole ancora trovare il Gene del Terminale di Rete, che permette all'uomo di controllare la città e tutte le macchine, compresa la Salvaguardia. Killy si sacrifica apparentemente per permettere agli abitanti del villaggio di fuggire.

In seguito si scopre che Zuru e altri abitanti del villaggio hanno raggiunto con successo il livello abbandonato e vi hanno fondato un nuovo villaggio. Sua nipote ricorda i tempi in cui sua nonna Zuru raccontava di Killy e sembra che il dispositivo che Killy aveva dato loro sia ancora in suo possesso. Mentre la ragazza pensa che Killy dovrebbe essere ancora vivo da qualche parte, le viene mostrato che continua il suo viaggio ancora oggi, vagando alla ricerca del Net Terminal Gene.