La storia si svolge poco prima della fine del primo semestre e l'intera classe sta per partire per una gita. Tuttavia, tutti i ragazzi e Midoriya sono invitati a partecipare a un evento su un'isola dedicato allo studio delle stranezze. Lì Midoriya incontra Melissa, una ragazza senza stranezze. Trova un legame con questa ragazza e vede il suo io del passato, così diventano subito amici. Per una volta sembra che tutto vada per il verso giusto in questo viaggio, o forse no?
Un film del franchise è stato annunciato nel dicembre 2017, con Nagasaki, Kuroda e Yoshihiko Umakoshi che hanno confermato pochi giorni dopo il loro ritorno dalla serie televisiva anime My Hero Academia per dirigere il film, scrivere la sceneggiatura e disegnare i personaggi, rispettivamente. I personaggi originali del film sono stati annunciati ad aprile e giugno 2018.
My Hero Academia: Two Heroes è stato presentato in anteprima a Los Angeles il 5 luglio 2018 ed è uscito in Giappone il 3 agosto, con un'uscita limitata negli Stati Uniti e in Canada dal 25 settembre al 2 ottobre. Il film ha incassato 33,4 milioni di dollari in tutto il mondo e ha ricevuto recensioni positive dalla critica. È stato selezionato ai Crunchyroll Anime Awards come miglior film del 2018 ed è stato nominato ai Newtype Anime Awards come Miglior Film Anime. Sono stati realizzati due sequel: My Hero Academia: Heroes Rising (2019) e My Hero Academia: World Heroes' Mission (2021).
Un flashback mostra un giovane All Might in California alle prese con una coppia di cattivi composta da un uomo esile con una maschera rossa e da una grande creatura mostruosa blu con sei braccia che ha appena rapinato un casinò, con l'aiuto del suo compagno di classe e amico, David Shield, che alla fine diventerà uno scienziato e lavorerà con lui per progettare molte delle sue tute.
Nel presente, All Might porta Izuku Midoriya con sé a I-Island, un'isola galleggiante in movimento, dopo aver ricevuto un invito dalla figlia di David, Melissa, per fare una sorpresa al padre. Dopo la riunione, David esegue un test con All Might e scopre che il suo Quirk si sta esaurendo, inorridendo perché crede che All Might non sarà in grado di mantenere il suo ruolo di Simbolo di Pace. Nel frattempo, Melissa mostra a Midoriya l'isola e i due si imbattono nei compagni della classe 1-A di Midoriya, invitati sull'isola per vari motivi. Dopo essersi goduti gli eventi dell'isola, Melissa li invita a partecipare a una festa formale a cui partecipano tutti gli eroi. Prima di andare alla festa, Melissa rivela a Midoriya di essere senza Quirk, sorprendendolo, prima di dargli un "Guanto completo" che gli permette di usare pienamente il suo Quirk senza farsi male.
Nel frattempo, Wolfram, un terrorista arrivato segretamente sull'isola, prende il controllo del sistema di sicurezza dell'isola durante la festa e minaccia di uccidere gli abitanti. Trattiene tutti gli eroi presenti, compreso All Might, e prende in ostaggio David e il suo assistente, Samuel Abraham, per introdursi nel caveau dell'isola. Midoriya, Melissa e il resto della Classe 1-A presente alla festa riescono a sfuggire agli assalitori e decidono di salvare gli ostaggi raggiungendo la cima dell'edificio e disattivando il sistema di sicurezza. Scoprendo la loro presenza, Wolfram dispiega le forze per fermarli, costringendo il gruppo a dividersi per affrontare i cattivi e i bot di sicurezza. Alla fine, Midoriya e Melissa sono gli unici rimasti che riescono a salire in cima.
In cima alla torre, scoprono che David e Samuel hanno orchestrato gli eventi della notte. Avevano ingaggiato dei finti malviventi per provocare una distrazione al fine di recuperare la loro più grande invenzione - una cuffia che massimizza il potere del Quirk di una persona - che era stata confiscata e sigillata dagli sponsor del progetto. David vuole darlo a All Might in modo che possa mantenere il suo ruolo di Simbolo della Pace. Tuttavia, Wolfram arriva e rivela di essere un vero criminale, ingaggiato da Samuel per recuperare l'auricolare per sé. Lo ruba e tenta di uccidere Samuel e Melissa, ma David e Midoriya li salvano. Wolfram tiene a bada Midoriya, rapisce David e scappa sul tetto. Midoriya non riesce a impedire a Wolfram di partire in elicottero con David, ma Melissa prende il controllo del sistema di sicurezza e libera gli eroi. All Might raggiunge il tetto e impedisce all'elicottero di fuggire.
Wolfram utilizza quindi il Dispositivo di Amplificazione dei Quirk per amplificare il suo potere, creando un gigantesco corpo di metallo con David intrappolato all'interno. Sopraffà All Might e rivela di essere segretamente in combutta con la nemesi di All Might, All For One, che ha dato a Wolfram un Quirk aggiuntivo e voleva essere coinvolto per demoralizzare All Might. Non avendo la forza di sconfiggere Wolfram da solo, All Might chiede l'aiuto di Midoriya. Il resto degli studenti arriva presto sul tetto e aiuta All Might e Midoriya, che uniscono i loro poteri per sconfiggere Wolfram e liberare David. Al sorgere del sole, All Might e David riflettono su come Melissa e Midoriya siano le prossime generazioni di eroi e su come il mondo sarà in buone mani anche dopo che il Quirk di All Might sarà scomparso.