La nave stellare della Federazione USS Voyager, inseguendo una banda di ribelli Maquis, entra nella pericolosa nebulosa spaziale nota come Badlands. Entrambe le navi vengono trasportate da una sonda spaziale lontana nel Quadrante Delta, a 75.000 anni luce dallo spazio della Federazione. L'equipaggio della Voyager e i Maquis formano una tregua scomoda per salvare i membri dell'equipaggio di entrambe le navi, rapiti dal costruttore della sonda, il potente e morente Custode. La nave Maquis viene distrutta in una battaglia con i bellicosi Kazon. Per evitare un'aggressione kazon contro un mondo indifeso, la Voyager distrugge la sonda spaziale. Senza la sonda, la Voyager impiegherà 75 anni per tornare nello spazio della Federazione. Con le differenze tra loro rese insignificanti dal tempo e dalla distanza, gli equipaggi della Federazione e dei Maquis si uniscono a bordo della Voyager. Insieme, intraprendono la loro nuova missione: tornare coraggiosamente a casa.
Paramount Pictures commissionò la serie dopo la fine di Star Trek: The Next Generation per accompagnare la serie in corso Star Trek: Deep Space Nine. Volevano che contribuisse al lancio di UPN, la loro nuova rete. Berman, Piller e Taylor idearono la serie in modo che si sovrapponesse cronologicamente a Deep Space Nine e mantenesse la continuità tematica con gli elementi introdotti in The Next Generation e Deep Space Nine. La complessa relazione tra la Flotta Stellare e gli ex coloni della Federazione, noti come Maquis, era uno di questi elementi e un tema centrale persistente. Voyager fu la prima serie di Star Trek ad avere come protagonista un ufficiale di comando donna, il Capitano Kathryn Janeway (Kate Mulgrew). Berman ricoprì il ruolo di produttore esecutivo responsabile dell'intera produzione, coadiuvato da una serie di produttori esecutivi: Piller, Taylor, Brannon Braga e Kenneth Biller.
Ambientata in una parte diversa della galassia rispetto alle precedenti serie di Star Trek, Voyager diede spazio agli autori della serie per introdurre nuove specie aliene come personaggi ricorrenti, in particolare i Kazon, i Vidiiani, gli Hirogen e la Specie 8472. Nelle stagioni successive, i Borg, una specie creata per The Next Generation, furono introdotti come antagonisti principali. Durante il periodo di Voyager sono stati prodotti diversi romanzi a episodi e videogiochi; dopo la sua conclusione, diversi romanzi hanno continuato la narrazione della serie.