Dopo l'indebolimento dell'alleanza sulla Terra, Haruo valuta se schierarsi con gli Exif, il cui culto della morte evoca un mostro capace di distruggere il mondo.
Mentre Retsuko cerca disperatamente di fare piani per la vigilia di Natale, la sua nuova ossessione per l'approvazione sui social media diventa incontrollabile.
Sulla Terra, Haruo e i suoi amici prendono contatto con la tribù indigena degli Houtua. Per battere Godzilla, devono raggiungere il vecchio laboratorio dei Mechagodzilla.
In una città senza fine determinata a eliminare ogni forma di vita, il misterioso Killy emerge come guida per i pochi umani rimasti che lottano per sopravvivere.